В области около 4 тысяч озер. На юго-западе расположены Шекснинское и крупное Рыбинское водохранилище, на западе озера: Белое, Кубенское и Воже. Онежское озеро на севере области соединяет с Волгой Волго-Балтийский водный путь. Широко распостранены болота (12 % территории области), сосредоточены преймущественно в западных районах.